蛋白互作网络PPI分析流程示例

蛋白互作网络（PPI, Protein-Protein Interaction Networks）可以查看基因之间的联系，进而锁定关键基因。一般使用STRING数据库获取蛋白互作信息。

STRING数据库：STRING: functional protein association networks (string-db.org)

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数据准备

要分析蛋白的名称列表，例如：

使用STRING数据库获取PPI结果

1. 选择Multiple proteins，将蛋白名称粘贴到List Of Names框中。我这里使用的是果蝇的相关蛋白，因此Organisms选择了Drosophila。点击search。

2. 通过复选框选择对应的蛋白（默认选择的有时候不一定对），点击MAPPING可以下载当前查询到的蛋白信息，点击CONTINUE可以获得蛋白互作结果。

3. 蛋白互作网络图如下

4. 图例信息在Legend中

5. Settings中可以根据需要改变网络样式。

6. Exports可以将图片和蛋白互作信息导出。

• 在网页界面，可以通过鼠标拖动改变蛋白分布。

• 点击对应的蛋白节点能够查看蛋白结构信息。

• 点击连接线可以获得详细的连接数据

PPI（Protein-Protein Interaction，蛋白质-蛋白质相互作用）网络图是生物信息学中的一种图形表示，它展示了细胞内不同蛋白质之间的相互作用关系。

• 网络布局：

  • 节点（Node）：通常代表一个蛋白质。节点的大小可能表示蛋白质的度（与多少其他蛋白质相互作用）或者其他属性，如表达水平。
  • 边（Edge）：代表两个蛋白质之间的相互作用。边的粗细可能表示相互作用的强度或者置信度。

• 节点属性：

  • 颜色：可以表示蛋白质的属性，如功能分类、亚细胞定位、是否为已知疾病相关蛋白等。
  • 形状：不同的形状可以代表不同的蛋白质属性，如是否为酶、受体或其他类型。

• 网络特性：

  • 连通性：高连通性的节点通常是网络中的关键蛋白，它们的缺失可能导致网络功能的显著变化。
  • 模块性：网络中可能存在几个紧密连接的节点群，这些群被称为模块，可能代表特定的生物学过程。

• 功能分析：

  • 使用GO（Gene Ontology）注释或其他功能数据库，对网络中的蛋白质进行功能富集分析，以识别网络中的主要生物学功能。

• 路径分析：

  • 寻找网络中的关键路径，这些路径可能代表信号传导、代谢途径或其他生物学过程。

• 动态变化：

  • 如果PPI网络图展示的是随时间或不同条件下变化的数据，分析这些动态变化可以帮助理解生物学过程如何响应外部刺激。

• 实验验证：

  • PPI网络图通常是基于高通量实验数据（如酵母双杂交、质谱分析）构建的，因此实验验证是解读结果的关键步骤。

参考：

[RNA-seq入门实战（九）：PPI蛋白互作网络构建（上）——STRING数据库的使用 - 知乎 (zhihu.com)](https://zhuanlan.zhihu.com/p/532037554)