快速高效地构建ML树——IQ-TREE安装和使用示例
IQ-TREE
IQ-TREE是一款专为系统发育分析设计的软件工具，其核心功能涵盖系统发育树的推断、统计模型的选择以及结果的综合评估。在系统发育基因组学领域，该学科专注于从全基因组视角探索不同生物种类或个体间的进化联系及其历史背景。通过处理并对比海量的遗传信息，IQ-TREE能够构建出反映这些生物间演化路径的系统发育树。相较于同类软件如RAxML和PhyML，IQ-TREE展现出更为优越的表现力。此外，除了提供传统意义上的本地安装选项外，用户也可以选择访问其在线版本进行操作。
http://iqtree.cibiv.univie.ac.at/
下载安装
官网：http://www.iqtree.org/ 点击最新版本Download v2.3.6 for Windows 下载。
解压，并将iqtree2根据文件位置添加到系统路径中。快捷键Win+r输入cmd，打开命令提示符，输入：
1 | path %path%;E:\soft\iqtree-2.3.6-Windows\bin |
输入iqtree2 -version可以查看是否添加成功。
使用帮助
通过iqtree2 -h命令查看相关命令帮助，
也可以看官网上的帮助文档。
http://www.iqtree.org/doc/### 使用示例
准备好已经比对的序列文件，可以是以下这些格式：
在线使用
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导入比对的序列数据。
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软件会自动选择最佳模型。
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自举检验1000次，都是默认选项，不用动。
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IQTree的参数。
对于包含许多短序列的数据集，作者建议使用较小的扰动强度（-pers）和较大的-numstop值。较小的扰动强度意味着算法在搜索过程中的随机性较小，而较大的-numstop值意味着算法会在达到某个阈值之前继续搜索，这有助于算法在短序列数据集中找到更好的解。
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输入邮箱地址，点击提交。运行结束后结果会发送到邮箱。
保存提交后正在运行的链接，等结束后可以通过该链接下载结果文件。
结果文件说明：
| Suffix | Explanation |
|---|---|
.iqtree |
运行的完整结果，是主报告文件。 |
.log |
运行日志 |
.treefile |
最大似然树以NEWICK格式表示，可以使用树形查看器程序进行可视化。 |
.svg |
SVG格式的树图文件。 |
.pdf |
pdf格式的树图文件。 |
.contree |
带有分配的分支支持的Consensus tree，其中分支长度基于原始比对进行了优化；如果选择了Ultrafast Bootstrap，则会打印此树。 |
.ckp.gz |
检查点文件；如果进程因RAM/CPU限制而停止，则会包含此文件。 |
本地使用
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打开命令提示符：
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点击Windows屏幕左下角的“开始”菜单。在搜索框中输入“cmd”并按回车键，打开命令提示符窗口。
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或者快捷键
Win+r输入cmd，打开命令提示符。
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命令提示符窗口中输入运行示例：
1 | iqtree2 -s E:\Desktop\果蝇心管自噬\2024分析作图原始数据\20241010_DHC_Atgs_pro_align.fas -m MFP -B 1000 -T AUTO |
iqtree2 -s E:\Desktop\果蝇心管自噬\2024分析作图原始数据\20241010_DHC_Atgs_pro_align.fas -m MFP -B 1000 -T AUTO -o outgroup_name
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-s：比对好的fas格式文件 -
-m MFP：自动选择测试的最佳模型并建树 -
-B 1000：bootstrap检验次数 -
-o outgroup_name：选择外群
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等待运行结束，生成的文件在比对文件夹中，比如
E:\Desktop\果蝇心管自噬\2024分析作图原始数据\
生成的文件：
参考
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【软件速览】IQ-TREE：构建ML树
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Web Server Tutorial
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Getting Started