使用R语言通过DIOPT数据库检索同源基因-RDIOPT包

发表于 分类于 ， 阅读次数： Changyan： 本文字数： 393 阅读时长 ≈ 1 分钟

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RDIOPT包 是 DIOPT 同源基因查找器 (DIOPT Ortholog Finder) 的一个简单包装器（wrapper）。这个包（package）的目的是允许用户直接从 R 语言环境中查询同源基因，而不需要复制和粘贴操作。RDIOPT 依赖于 DIOPT API 来执行查询和搜索结果。

安装

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#install.packages("devtools")
devtools::install\_github("myuhao/RDIOPT")

函数及参数

​find_orthologs(genes, from = 9606, to = 7227, filter = "none", version = 8)​

​genes​ 字符向量，基因的enterzID​。gene symbol​。
​from​ 源物种NCBI Taxonomy ID​
​to​ 目标物种NCBI Taxonomy ID​
​filter​ 筛选结果，具体参数见后面内容。
​version​ 版本，8​或者9​

​from​ 和 to​为NCBI Taxonomy ID​. DIOPT 目前支持以下 IDs (DRSC - DRSC Integrative Ortholog Prediction Tool):

  • ​all​: 以下所有物种 (仅限to​使用)

  • ​83333​ Escherichia coli [ E. coli ]

  • ​3702​ Arabidopsis thaliana [ Thale cress ]

  • ​4896​ Schizosaccharomyces pombe [ Fission yeast ]

  • ​4932​ Saccharomyces cerevisiae [ Yeast ]

  • ​6239​ Caenorhabditis elegans [ Worm ]

  • ​7165​ Anopheles gambiae [ Mosquito ]

  • ​7227​ Drosophila melanogaster [ Fly ]

  • ​7955​ Danio rerio [ Zebrafish ]

  • ​8364​ Xenopus tropicalis [ Western clawed frog ]

  • ​10116​ Rattus norvegicus [ Rat ]

  • ​10090​ Mus musculus [ Mouse ]

  • ​9606​ Homo sapiens [ Human ]

​​filter​​

  • ​none​ 无过滤，显示所有结果。

  • ​best_match​ 只有当每个输入基因或蛋白有一个以上匹配时，才返回最佳匹配。

  • ​exclude_score_less_1​ 排除低diopt得分( score > 1 ,除非仅匹配得分为1)

  • ​exclude_score_less_2​ 排除低diopt得分( score > 2 ,除非仅匹配得分为1或2)

示例

以黑腹果蝇 [ Drosophila melanogaster (fruit fly) ] 的Akt, CaMKI基因为例

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library(RDIOPT)
# Entrez ID
gene_of_Dm <-  c(41957,43792)
# 安装了AnnotationDbi可以使用gene sysmbol
if (require(org.Dm.eg.db)) {
  gene_of_Dm <-  c("Akt","CaMKI")
}
# 果蝇NCBI Taxonomy ID为7227
Dm_orthologs  <-  RDIOPT::find_orthologs(gene_of_Dm, from = 7227, to = "all", filter = "best_match")
Dm_orthologs

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参考

  1. myuhao/RDIOPT: R interface to run DIOPT ortholog finders

  2. DRSC - DRSC Integrative Ortholog Prediction Tool