用RStudio与Git、GitHub连接起来，实现代码管理和数据分析

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Git的基本操作以及如何通过RStudio与GitHub进行交互。这里仅介绍了通过Git和Rstudio管理GitHub仓库的设置步骤。更多内容见 https://happygitwithr.com/

配置Git

使用下面的命令查看Git的安装位置和版本。

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which git

git --version

更新Git

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git update-git-for-windows

设置Git用户名和邮件

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git config --global user.name "leafminer"
git config --global user.email "zhang6410319@hotmail.com"
git config --global --list

也可以使用R包usethis​

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library(usethis)
use_git_config(user.name = "leafminer", user.email = "zhang6410319@hotmail.com")

设定默认的初始分支名为main​

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git config --global init.defaultBranch main

R包usethis​

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# 默认为main
usethis::git_default_branch_configure()

设定令牌

R包usethis​

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# 跳转到 https://github.com/settings/tokens，创建Token
usethis::create_github_token()
# 粘贴保存创建的Token
gitcreds::gitcreds_set()
# 查看
gitcreds_get()

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设定GitHub远程仓库和仓库地址

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git remote set-url 2024-R-PhDdata https://github.com/leafminer/2024-R-PhDdata.git
git remote -v

R包usethis​

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# 查看远程库和地址
usethis::git_remotes()
# 修改远程库和地址
usethis::use_git_remote(
  "2024-R-PhDdata",
  "https://github.com/leafminer/2024-R-PhDdata.git",
  overwrite = TRUE
)

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​credentials​和gh​包

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credentials::set_github_pat()

usethis::gh_token_help()

usethis::git_sitrep()

gh::gh_whoami()

设定密钥

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ssh-keygen -t rsa -b 4096 -C "Rstudio"
# ssh-keygen -t ed25519 -C "Rstudio"

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确保ssh - agent处于运行状态：

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eval $(ssh-agent -s)
# Agent pid 1542

添加你的密钥，用正确的名字代替你的钥匙。

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ssh-add ~/.ssh/id_rstudio

复制公钥到剪贴板：

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clip < ~/.ssh/id_rstudio.pub

ssh-ed25519 AAAAC3NzaC1lZDI1NTE5AAAAIA9kHA+/Vx8ksFibaRCYYlj2r/zS5DezRmSOsn00AltJ Rstudio

使用Git连接GitHub仓库

登录GitHub，添加公钥到远程仓库。步骤见https://blog.leafminer.cn/2024/11/30/b3793277a33f/

检验是否成功

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ssh -T git@github.com

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克隆远程仓库到本地

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git clone https://github.com/leafminer/2024-R-PhDdata.git

使用Git上传本地文件到远程仓库

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git commit
git push

在Windows上，你可能会看到一个关于LF的消息会被CRLF所取代。这是正常的，不需要对你的部分采取任何行动。Windows对行结尾的处理与其他操作系统不同，但Git for Windows的默认设置适合大多数人和情况。

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git config --show-origin --get core.autocrlf
# file:"C:\\ProgramData/Git/config"      true
# If your value shows as false, you can set it to true with this command:
git config --global core.autocrlf true

使用Rstudio管理仓库

连接远程仓库

  1. 使用已有的仓库，或者创建新的仓库。通过Add a README file​初始化仓库。复制下图的链接：

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  1. 在Rstudio中创建新的项目：

​File​ > New Project​ > Version Control​ > Git​ Repository URL粘贴上一步复制的仓库链接。

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  1. 上述操作应该会自动从GitHub下载名为README.md的文件。表明本地与远程连接成功。

保存，更改和提交

点击右上方窗格中的" Git "选项卡。

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或者

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勾选文件旁边的“Staged​”（已暂存）复选框，表示你想要将这个文件的更改包含在即将进行的提交中。

如果你还没有在Git弹出窗口中，点击“Commit​”（提交）按钮。这将打开一个新的提交窗口。

输入提交信息：在提交窗口中，你需要输入一个“Commit message”（提交信息），这个信息简要描述了你所做的更改。在这个例子中，你可以输入“Commit from RStudio”来表示这个提交是在RStudio中完成的。

完成提交：输入完提交信息后，点击“Commit​”按钮来完成提交过程。这样，你的更改就会被保存到本地的Git仓库中。点击“Push​”推送到GitHub仓库。

参考

  1. https://happygitwithr.com/ssh-keys

  2. https://happygitwithr.com/push-pull-github