R语言-不同来源（CRAN，Bioconductor，GitHub,GitLab）R包的更新

发表于 分类于 ， 阅读次数： Changyan： 本文字数： 963 阅读时长 ≈ 4 分钟

搜索和安装R包之前说过了，这里记录一下R包的更新。要更新R包需要先知道你的R包来自哪里

R包可以存放在不同的仓库(repository)里，最常见的repo包括CRAN, github，以及生物er必需的Bioconductor。

CRAN，官方包CRAN，通常国内选择镜像，方法自行百度。

Bioconductor，这个通常只有生物信息学的人才用得到。

Github，大部分CRAN和Bioconductor都是托管在Github上的，一般不太稳定。

可以直接在谷歌或必应搜索该包名字，即可看到是哪种R包。

或者直接使用rvcheck​包来更新。

更新R包

来自CRAN官方的R包

设定好国内镜像，使用以下命令：

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old.packages()      #检查library里哪些包有更新版本
update.packages()    #更新library里所有包

用Rstudio的话，可以进行点击下面的这个Update：

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或者Rstudio菜单栏点击Tools​，选择Check for Package Updates​

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来自Bioconductor的R包

需要使用BiocManager​包，先用上面的方法把该包更新到最新版本：

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if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::version() #检查当前Bioconductor版本

更新：

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BiocManager::install() #更新到最新的release版本，使用ask=FALSE可以跳过询问直接更新
BiocManager::install(version = "3.20") #更新到指定版本

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来自GitHub的R包

没有一致的仓库来源，不用工具的话，只能手动一个个的重新安装来更新：

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library(devtools)
install_github("username/repository")

还是用rvcheck​包吧。

用rvcheck​包更新R包

该包会自动判断包的来源(包括CRAN、Bioconductor、GitHub和GitLab)并检查更新。

安装

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install.packages("rvcheck")

使用

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library(rvcheck)
check_r() #检查R版本
check_cran() #检查CRAN来源的最新发布版本
check_bioc() #检查Bioconductor来源的最新发布版本
check_github("GuangchuangYu/clusterProfiler") #检查GitHub来源指定包的最新发布版本
check_gitlab('ezlab/orthodb_r') #检查GitLab来源指定包的最新发布版本
update_all() #更新上面所有来源的R包

使用installr​包更新R并迁移R包

该包可以查找最新的R版本，下载并运行安装程序，删除安装文件，将之前的R包复制并更新到新安装的R中。

此外，它可以安装很多其他软件 (比如:R，’ Rtools ‘，’ RStudio ‘，’ Git '，…等等！)，提供一个软件的下载链接也行。还能关机、重启、睡眠、休眠和锁定操作系统。

安装

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install.packages("installr")

更新R

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check.for.updates.R() #检查是否有更新版本的R
get_latest_r_version() #返回CRAN上可用的R的最新版本作为R系统版本对象
updateR() #或者updater()检查最新的R版本，如果有更新的R版本，下载并安装它

R包迁移

  • 将R升级到一个新版本——并将所有的包从旧的R安装复制到新的R中

  • 移动到一个全局library——想要将所有的包从局部library文件夹复制到全局library文件夹

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copy.packages.between.libraries(
  from,
  to,
  ask = FALSE,
  keep_old = TRUE,
  do_NOT_override_packages_in_new_R = TRUE
)

#示例
create.global.library() #创建全局library，默认位置"R_path/R/library"
copy.packages.between.libraries(ask = T) #
​from​ library文件夹位置
​to​ 复制到的位置
​ask​ 是否应该让用户选择从哪两个library中复制包？如果为FALSE​(默认值)，则将library文件夹复制到最新的R安装。这将覆盖"from"和"to"参数
​keep_old​ 复制还是移动library文件夹
​do_NOT_override_packages_in_new_R​ 请勿覆盖新的包。默认TRUE​。设定为FALSE​,如果一个包同时存在于"from"和"to" library文件夹中，那么它会将"to"包的版本复制到“to”

参考：

  1. R及R包的更新、移除、卸载 - 组学大讲堂问答社区

  2. 安装R包的几种方法 - 组学大讲堂问答社区

  3. 12. R studio/R 工具指南（十一：R 的更新与R 包的迁移）

  4. GitHub - GuangchuangYu/rvcheck: ✅R/Package Version Check

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