ImageJ--形态学数据挖掘、三维建模以及图像拼接、配准、编辑和注释-TrakEM2简介
TrakEM2 是一个 ImageJ 插件,用于形态学数据挖掘、三维建模以及图像拼接、配准、编辑和注释。
TrakEM2 是一个 ImageJ 插件,用于形态学数据挖掘、三维建模以及图像拼接、配准、编辑和注释。
SimpleITK 是 Insight 工具包(ITK)算法和数据结构的简化编程接口。它支持多种编程语言的接口,包括 C++、Python、R、Java、C#、Lua、Ruby 和 TCL。这些绑定使科学家能够用他们最熟悉的编程语言开发图像分析工作流。该工具包支持 15 种以上不同的图像文件格式,提供 280 多种图像分析过滤器,并为 ITK 基于强度的配准框架实现了统一接口。
Feature Finder 是ImageJ 中的图像模板匹配(Template Matching)插件,用于查找与原型(模板)相同或相似的特征。"相似 "是指图像与原型之间的均方偏差应该很小。
使用Git部署文章的命令
测序得到的 read counts 数量会受到多种因素的影响,如 测序深度 和 基因长度 。除了上述两个主要因素外,还会有其他因素对read counts的检测有所影响,例如转录组的组成,GC含量,random hexamers引起的测序偏好等等。因此测序得到的read counts需要标准化后才能进行比较。标准化的方式有 RPKM , FPKM, TPM 。其中TPM被更多人认可。
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